| Ders Adı | Kodu | Yarıyıl | T+U Saat | Kredi | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| Proteom Analizi | BYK 643 | 0 | 3 + 0 | 3 | 6 |
| Ön Koşul Dersleri | |
| Önerilen Seçmeli Dersler | |
| Dersin Dili | Türkçe |
| Dersin Seviyesi | Doktora |
| Dersin Türü | Seçmeli |
| Dersin Koordinatörü | Prof.Dr. GÜLNUR ARABACI |
| Dersi Verenler | |
| Dersin Yardımcıları | Biyokimya Anabilimdalı Araştırma Görevlileri |
| Dersin Kategorisi | Diğer |
| Dersin Amacı | Hastalıkların teşhisinde ve hücre düzeyinde anormalliklerin belirlenmesinde kullanılan proteom analizlerini anlaşılıp yorumlanmasını yardımcı olur. Ayrıca, biyokimya, tıp ve biyoteknolojide proteomun nasıl uygulanabildiği hakkında bilgilendirir. |
| Dersin İçeriği | Giriş-proteom araştırmalara genel bakış, protein analizinde iki yönlü elektroforez (2-D), proteinlerin enzimatik parçalanması ve peptidlerin HPLC ile ayrılması, peptid ve proteinlerin dizi analizleri, proteom analizlerinde biyoinformatik, , proteomik analizlerde model sistemler |
| Kalkınma Amaçları |
|---|
|
| # | Ders Öğrenme Çıktıları | Öğretim Yöntemleri | Ölçme Yöntemleri |
|---|---|---|---|
| 1 | Proteom analizinde kullanılan ikiyönlü (2-D) gel elektroforezini yorumlar | Anlatım, Soru-Cevap, | |
| 2 | Blotlama ve ümin boyama yöntemlerini tanır | Anlatım, Soru-Cevap, | |
| 3 | Proteinlerin parçalanmasından oluşan peptitlerin HPLC ile analizinlerini yorumlar. | Anlatım, Soru-Cevap, Gezi / Gözlem, | |
| 4 | Peptitlerin kütle spektroskopisini analizler | Anlatım, Soru-Cevap, | |
| 5 | Proteomikteki model sistemleri tanır | Anlatım, Soru-Cevap, | |
| 6 | Proteinlerin yapı analizlerinde en son gelişmelerde kullanılan yöntemleri sorgular | Anlatım, Soru-Cevap, |
| Hafta | Ders Konuları | Ön Hazırlık |
|---|---|---|
| 1 | Proteom araştırmalara genel giriş | [1] Sayfa 7-20 |
| 2 | Protein analizinde iki yönlü elektroforez (2-D) | [1] Sayfa 21-28 |
| 3 | Blotlama ve immün boyama | [1] Sayfa 29-38 |
| 4 | Proteinlerin enzimatik parçalanması ve peptidlerin HPLC ile ayrılması | [1] Sayfa 39-46 |
| 5 | Peptit ve proteinlerin dizi analizleri | [1] Sayfa 47-56 |
| 6 | Protein ve peptidlerin kütle spektrumu | [1] Sayfa 57-64 |
| 7 | Post-translasyonel değişiklikler | [1] Sayfa 65-75 |
| 8 | Difrensiyal proteom analizlerinde biyoinformatik | [1] Sayfa 76-96 |
| 9 | ARA SINAV | |
| 10 | Proteomik çalışmalarda hücre kültürü | [1] Sayfa 97-105 |
| 11 | Proteomik analizlerde model sistemler (Fareler üzerine) | [1] Sayfa 106-116 |
| 12 | Proteom analizi uygulamalarından, insanın tümörlü proteinlerin belirlenmesi, tanınması ve karakterize edilmesi | [1] Sayfa 117-124 |
| 13 | Proteomik çalışmalarda kararlı izotop işaretleme ile proteom analizleri | [1] Sayfa 125-130 |
| 14 | Proteomic uygulamalar ve yeni teknolojiler | [1] Sayfa 131-4 |
| Kaynaklar | |
|---|---|
| Ders Notu | [1] A. TELEFONCU, J. SALNIKOW, F. ZİHNİOĞLU and A. KILIÇ " Proteom Analizi Metodlar ve Uygulamaları" Ege Üniversitesi, Fen Fakültesi Basımevi, 2002, Çanakkale |
| Ders Kaynakları | [2] D. C. Liebler Introductiın to PROTEOMICS Human press, 2002,Tottava, N.J. USA |
| Sıra | Program Çıktıları | Katkı Düzeyi | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | |||
| 1 | Yaşadığı toplumun bilgi toplumu olmasına katkıda bulunmak, toplumsal, bilimsel, kültürel ve etik sorunlara çözüm sunmak amaçlarıyla alanındaki bilimsel, teknolojik, sosyal veya kültürel ilerlemeleri içeren bilimsel projeler geliştirir ve bu projeleri ulusal ve uluslararası bilimsel ortamlarda (toplantılarda) tanıtır. | ||||||
| 2 | Alanında bilimsel araştırma yaparak bilgiye genişlemesine ve derinlemesine ulaşır, alanında güncel teknik ve yöntemler ile bunların kısıtları hakkında sahip olduğu kapsamlı bilgiyi elde ettiği bilgi ile karşılaştırarak değerlendirir ve sentezleyerek yeni sonuçlar ortaya koyar. | ||||||
| 3 | Alanı ile ilgili problemleri tanımlar ve formüle eder, yeni ve/veya özgün fikir ve yöntemler geliştirir; karmaşık sistem veya süreçleri tasarlar ve tasarımlarında yenilikçi/alternatif çözümler ve/veya yöntemler geliştirir. | ||||||
| 4 | Kuramsal, deneysel ve modelleme esaslı araştırmaları tasarlar ve uygular, belirsiz, sınırlı ya da eksik verileri bilimsel yöntemlerle tamamlar; verilerin toplanması, yorumlanması, duyurulması ile yeni modellemelerin oluşturulması aşamalarında ve mesleki tüm etkinliklerde toplumsal, bilimsel ve etik değerleri gözetir. | ||||||
| 5 | Alanındaki uygulamaların sosyal, çevresel, sağlık, güvenlik, hukuki boyutlarını ile proje yönetimi ve iş hayatı uygulamalarını bilir ve bunların getirdiği kısıtların farkındadır. Disiplin içi ve çok disiplinli takımlarda etkin biçimde çalışabilir, bu tür takımlarda liderlik yapabilir ve karmaşık durumlarda çözüm yaklaşımları geliştirebilir; bağımsız çalışabilir ve sorumluluk alır. | ||||||
| 6 | Çalışmalarının süreç ve sonuçlarını, alanında veya alan dışındaki ulusal ve uluslararası ortamlarda bir yabancı dili en az Avrupa Dil Portföyü C1 Genel Düzeyinde kullanarak, yazılı ya da sözlü olarak aktararak sözlü ve yazılı iletişim kurar. | ||||||
| 7 | Biyokimya alanındaki lisans ve yüksek lisans düzeyindeki yeterliliklerini temel alarak, iş ve laboratuvar güvenliği yanında çevre koruma bilincine sahip olur. Aynı ya da farklı bir alanda bilgilerini uzmanlık düzeyinde geliştirir, derinleştirir, analiz eder ve yorumlar. | X | |||||
| 8 | Biyokimya Bilim dalı için gerekli modern cihazlar ve metotlar hakkında uygulamalı ve teorik bilgilere sahip olup bu yöntemlerle akademik düzeyde kimya deneyleri gerçekleştirir. Elde edilen sonuçları ve karşılaşılan sorunları gözlemleyip, çözüm yolları bulabilme yeteneğini kazanmış kimya doktoru unvanına sahip uzman kimyager ve akademisyen olur. | X | |||||
| # | Ders Öğrenme Çıktılarının Program Çıktılarına Katkısı | PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | PÇ 8 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | Proteom analizinde kullanılan ikiyönlü (2-D) gel elektroforezini yorumlar | 3 | |||||||
| 2 | Blotlama ve ümin boyama yöntemlerini tanır | 3 | |||||||
| 3 | Proteinlerin parçalanmasından oluşan peptitlerin HPLC ile analizinlerini yorumlar. | 4 | |||||||
| 4 | Peptitlerin kütle spektroskopisini analizler | 4 | |||||||
| 5 | Proteomikteki model sistemleri tanır | 4 | |||||||
| 6 | Proteinlerin yapı analizlerinde en son gelişmelerde kullanılan yöntemleri sorgular | 4 |
| Değerlendirme Sistemi | |
|---|---|
| Yarıyıl Çalışmaları | Katkı Oranı |
| 1. Ödev | 20 |
| 1. Performans Görevi (Seminer) | 20 |
| 1. Ara Sınav | 50 |
| 1. Kısa Sınav | 10 |
| Toplam | 100 |
| 1. Yıl İçinin Başarıya | 50 |
| 1. Final | 50 |
| Toplam | 100 |
| AKTS - İş Yükü Etkinlik | Sayı | Süre (Saat) | Toplam İş Yükü (Saat) |
|---|---|---|---|
| Ders Süresi (Sınav haftası dahildir: 16x toplam ders saati) | 16 | 3 | 48 |
| Sınıf Dışı Ders Çalışma Süresi(Ön çalışma, pekiştirme) | 16 | 3 | 48 |
| Ara Sınav | 1 | 15 | 15 |
| Ödev | 1 | 10 | 10 |
| Performans Görevi (Seminer) | 1 | 10 | 10 |
| Final | 1 | 20 | 20 |
| Toplam İş Yükü | 151 | ||
| Toplam İş Yükü / 25 (Saat) | 6,04 | ||
| Dersin AKTS Kredisi | 6 | ||