| Ders Adı | Kodu | Yarıyıl | T+U Saat | Kredi | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| Moleküler Modelleme ve Simülasyonlar | KIM 669 | 0 | 3 + 0 | 3 | 6 |
| Ön Koşul Dersleri | |
| Önerilen Seçmeli Dersler | |
| Dersin Dili | Türkçe |
| Dersin Seviyesi | Doktora |
| Dersin Türü | Seçmeli |
| Dersin Koordinatörü | Prof.Dr. UĞURSOY OLGUN |
| Dersi Verenler | |
| Dersin Yardımcıları | |
| Dersin Kategorisi | Diğer |
| Dersin Amacı | Kimyada moleküler düzey modelleme ve simülasyon uygulamalarına ait temel kavramların ve araştırma becerisinin kazandırılması |
| Dersin İçeriği | Moleküllerin bilgisayarda üç boyutlu görüntülenmesi. Model oluşturma. Minimum enerji hesaplamaları, bağ uzunlukları, bağ açıları. Moleküller arası kuvvetler. Moleküler modelleme teknikleri. Klasik ve modern yöntemler. Moleküler mekanik. Kuvvet alanı (force field) teknikleri. Paket programlar. Monte karlo, abinitio ve moleküler dinamik (MD) simülasyonlar. Yüzey ve ara yüzeylerin modellenmesi. Toplam enerji. Kohezyon ve adhezyon enerjisi. Çözünürlük parametresi. Difüzyon katsayısı. Moleküller arası etkileşimler. Katı, sıvı ve gaz faz simülasyon teknikleri. |
| # | Ders Öğrenme Çıktıları | Öğretim Yöntemleri | Ölçme Yöntemleri |
|---|---|---|---|
| 1 | Yüksek lisans veya doktora eğitimine başlamış olan öğrenciler bilgisayar ortamında yapılan modern modelleme ve simülasyon teknikleri ile teorik hesaplama yöntemleri hakkında temel bilgileri kazanır. | Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma, Bireysel Çalışma, | Sınav , Ödev, |
| 2 | Öğrenciler teorik hesaplamalı kimya ile ilgili temel araştırma ve geliştirme faaliyetlerinin yürütülmesi konusunda gerekli bilgi ve beceri kazanır. | Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma, Bireysel Çalışma, | Sınav , Ödev, |
| 3 | Kimyasal malzemelere yönelik hesaplamaları yapar | Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma, Bireysel Çalışma, | Sınav , Ödev, |
| 4 | Temel bilgilerini kimya problemlerine uygular | Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma, Bireysel Çalışma, | Sınav , Ödev, |
| 5 | Temel bilgileri analiz etme becerisi kazanır | Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma, Bireysel Çalışma, | Sınav , Ödev, |
| 6 | Farklı konuları doğru ilişkilendirme yeteneğini geliştirir | Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma, Bireysel Çalışma, | Sınav , Ödev, |
| Hafta | Ders Konuları | Ön Hazırlık |
|---|---|---|
| 1 | Moleküllerin bilgisayarda üç boyutlu görüntülenmesi | |
| 2 | Model oluşturma | |
| 3 | Minimum enerji hesaplamaları, bağ uzunlukları, bağ açıları | |
| 4 | Moleküller arası kuvvetler | |
| 5 | Moleküler modelleme teknikleri. Klasik ve modern yöntemler | |
| 6 | Moleküler mekanik | |
| 7 | Kuvvet alanı (force field) teknikleri | |
| 8 | Paket programlar | |
| 9 | ARASINAV | |
| 10 | Monte karlo, ab initio ve moleküler dinamik (MD)simülasyonlar | |
| 11 | Yüzey ve ara yüzeylerin modellenmesi.Toplamenerji. Kohezyon ve adhezyon enerjisi | |
| 12 | Çözünürlük parametresi. Difüzyon katsayısı | |
| 13 | Moleküller arası etkileşimler | |
| 14 | Katı, sıvı ve gaz faz simülasyon teknikleri |
| Kaynaklar | |
|---|---|
| Ders Notu | |
| Ders Kaynakları | 1. HINCHLIFFE, A. Modelling Molecular Structures?, John Wiley and Sons Inc., HobokenNJ, 1995. 2. SCHLEYER, P.R., Encyclopedia of Computational Chemistry John Wiley and Sons Inc., Hoboken NJ, 2007. 3. YOUNG, D.C., Computational Chemistry, J.Wiley & Sons, NJ Hoboken, 2002. 4. Literatür. |
| Sıra | Program Çıktıları | Katkı Düzeyi | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | |||
| 1 | Yüksek lisans derecesi yeterlilikleri üzerine kurulan, aynı ya da farklı bir alandaki bilgilerin genişletilmesi ve derinleştirilmesi ile birlikte, bilimsel araştırma yaparak bilgiye ulaşır, yorumlama ve uygulama yaparak bilgilerini uzmanlık düzeyinde geliştirir. | X | |||||
| 2 | Alanındaki sınırlı ya da eksik verileri kullanarak deneysel yöntemlerle bilgiyi geliştirir, edinilen bilgileri bilimsel, toplumsal ve etik sorumluluk ile kullanır. | X | |||||
| 3 | Alanındaki bir problemi bağımsız olarak kurgulayıp deneysel çözüm yöntemi geliştirir ve sonuçları değerlendirerek gerektiğinde ileri derecedeki araştırmalara uygular. | X | |||||
| 4 | Alanındaki güncel gelişmeleri ve ileri derecede gerçekleştirdiği kendi çalışmalarını, alanındaki ve dışındaki gruplara yazılı, sözlü ve görsel olarak sistemli bir şekilde aktarır. | X | |||||
| 5 | Alanındaki uygulamalarda karşılaşacağı öngörülmeyen karmaşık durumlarda, yeni stratejik yaklaşımlar geliştirir ve sorumluluk alarak çözüm üretir. | X | |||||
| 6 | Alanı ile ilgili konularda ileri derecede strateji, politika ve uygulama planları geliştirir ve elde edilen sonuçları kalite süreçleri çerçevesinde değerlendirerek uygular. | X | |||||
| 7 | En az bir yabancı dilde iyi derecede sözlü ve yazılı iletişim yeteneğine sahiptir. (“European Language Portfolio Global Scale”, Level B1) | X | |||||
| 8 | Alanının gerektirdiği bilgisayar yazılım ve donanım bilgisi ile birlikte bilişim ve iletişim teknolojilerini kullanır. | X | |||||
| 9 | Alanı ile ilgili verilerin toplanması, yorumlanması, uluslar arası alanda duyurulması aşamalarında bilimsel, sosyal ve etik değerleri gözeterek bu değerleri öğretebilir ve denetleyebilir. | X | |||||
| 10 | Alanında özümsediği bilgiyi ve problem çözme yeteneklerini disiplinler arası ileri derecedeki çalışmalarda uygular. | X | |||||
| Değerlendirme Sistemi | |
|---|---|
| Yarıyıl Çalışmaları | Katkı Oranı |
| 1. Ara Sınav | 70 |
| 1. Ödev | 15 |
| 1. Performans Görevi (Seminer) | 15 |
| Toplam | 100 |
| 1. Yıl İçinin Başarıya | 50 |
| 1. Final | 50 |
| Toplam | 100 |
| AKTS - İş Yükü Etkinlik | Sayı | Süre (Saat) | Toplam İş Yükü (Saat) |
|---|---|---|---|
| Ders Süresi (Sınav haftası dahildir: 16x toplam ders saati) | 16 | 3 | 48 |
| Sınıf Dışı Ders Çalışma Süresi(Ön çalışma, pekiştirme) | 16 | 3 | 48 |
| Ara Sınav | 1 | 15 | 15 |
| Ödev | 1 | 10 | 10 |
| Performans Görevi (Seminer) | 1 | 10 | 10 |
| Final | 1 | 20 | 20 |
| Toplam İş Yükü | 151 | ||
| Toplam İş Yükü / 25 (Saat) | 6,04 | ||
| Dersin AKTS Kredisi | 6 | ||