Ders Adı Kodu Yarıyıl T+U Saat Kredi AKTS
Proteom Analizi KIM 643 0 3 + 0 3 6
Ön Koşul Dersleri
Önerilen Seçmeli Dersler
Dersin Dili Türkçe
Dersin Seviyesi Doktora
Dersin Türü Seçmeli
Dersin Koordinatörü Prof.Dr. GÜLNUR ARABACI
Dersi Verenler Prof.Dr. GÜLNUR ARABACI,
Dersin Yardımcıları
Dersin Kategorisi Diğer
Dersin Amacı Hastalıkların teşhisinde ve hücre düzeyinde anormalliklerin belirlenmesinde kullanılan proteom analizlerini anlaşılıp yorumlanmasını yardımcı olur. Ayrıca, biyokimya, tıp ve biyoteknolojide proteomun nasıl uygulanabildiği hakkında bilgilendirir.
Dersin İçeriği Giriş-proteom araştırmalara genel bakış, protein analizinde iki yönlü elektroforez (2-D), proteinlerin enzimatik parçalanması ve peptidlerin HPLC ile ayrılması, peptid ve proteinlerin dizi analizleri, proteom analizlerinde biyoinformatik, , proteomik analizlerde model sistemler
# Ders Öğrenme Çıktıları Öğretim Yöntemleri Ölçme Yöntemleri
1 Proteom analizinde kullanılan ikiyönlü (2-D) gel elektroforezini yorumlar Anlatım, Soru-Cevap, Sınav , Ödev,
2 Blotlama ve ümin boyama yöntemlerini tanır Anlatım, Soru-Cevap, Sınav , Ödev,
3 Proteinlerin parçalanmasından oluşan peptitlerin HPLC ile analizinlerini yorumlar. Anlatım, Soru-Cevap, Problem Çözme, Sınav , Ödev,
4 Peptitlerin kütle spektroskopisini analizler Anlatım, Soru-Cevap, Sınav , Ödev,
5 Proteomikteki model sistemleri tanır Anlatım, Soru-Cevap, Sınav , Ödev,
6 Proteinlerin yapı analizlerinde en son gelişmelerde kullanılan yöntemleri sorgular Anlatım, Soru-Cevap, Sınav , Ödev,
Hafta Ders Konuları Ön Hazırlık
1 Proteom araştırmalara genel giriş [1] Sayfa 7-20
2 Protein analizinde iki yönlü elektroforez (2-D) [1] Sayfa 21-28
3 Blotlama ve immün boyama [1] Sayfa 29-38
4 Proteinlerin enzimatik parçalanması ve peptidlerin HPLC ile ayrılması [1] Sayfa 39-46
5 Peptit ve proteinlerin dizi analizleri [1] Sayfa 47-56
6 Protein ve peptidlerin kütle spektrumu [1] Sayfa 57-64
7 Post-translasyonel değişiklikler [1] Sayfa 65-75
8 Difrensiyal proteom analizlerinde biyoinformatik [1] Sayfa 76-96
9 ARA SINAV
10 Proteomik çalışmalarda hücre kültürü [1] Sayfa 97-105
11 Proteomik analizlerde model sistemler (Fareler üzerine) [1] Sayfa 106-116
12 Proteom analizi uygulamalarından, insanın tümörlü proteinlerin belirlenmesi, tanınması ve karakterize edilmesi [1] Sayfa 117-124
13 Proteomik çalışmalarda kararlı izotop işaretleme ile proteom analizleri [1] Sayfa 125-130
14 Proteomic uygulamalar ve yeni teknolojiler [1] Sayfa 131-4
Kaynaklar
Ders Notu [1] A. TELEFONCU, J. SALNIKOW, F. ZİHNİOĞLU and A. KILIÇ " Proteom Analizi Metodlar ve Uygulamaları" Ege Üniversitesi, Fen Fakültesi Basımevi, 2002, Çanakkale
Ders Kaynakları [2] D. C. Liebler Introductiın to PROTEOMICS Human press, 2002,Tottava, N.J. USA
Sıra Program Çıktıları Katkı Düzeyi
1 2 3 4 5
1 Yüksek lisans derecesi yeterlilikleri üzerine kurulan, aynı ya da farklı bir alandaki bilgilerin genişletilmesi ve derinleştirilmesi ile birlikte, bilimsel araştırma yaparak bilgiye ulaşır, yorumlama ve uygulama yaparak bilgilerini uzmanlık düzeyinde geliştirir. X
1 Yüksek lisans derecesi yeterlilikleri üzerine kurulan, aynı ya da farklı bir alandaki bilgilerin genişletilmesi ve derinleştirilmesi ile birlikte, bilimsel araştırma yaparak bilgiye ulaşır, yorumlama ve uygulama yaparak bilgilerini uzmanlık düzeyinde geliştirir. X
2 Alanındaki sınırlı ya da eksik verileri kullanarak deneysel yöntemlerle bilgiyi geliştirir, edinilen bilgileri bilimsel, toplumsal ve etik sorumluluk ile kullanır. X
2 Alanındaki sınırlı ya da eksik verileri kullanarak deneysel yöntemlerle bilgiyi geliştirir, edinilen bilgileri bilimsel, toplumsal ve etik sorumluluk ile kullanır. X
3 Alanındaki bir problemi bağımsız olarak kurgulayıp deneysel çözüm yöntemi geliştirir ve sonuçları değerlendirerek gerektiğinde ileri derecedeki araştırmalara uygular. X
3 Alanındaki bir problemi bağımsız olarak kurgulayıp deneysel çözüm yöntemi geliştirir ve sonuçları değerlendirerek gerektiğinde ileri derecedeki araştırmalara uygular. X
4 Alanındaki güncel gelişmeleri ve ileri derecede gerçekleştirdiği kendi çalışmalarını, alanındaki ve dışındaki gruplara yazılı, sözlü ve görsel olarak sistemli bir şekilde aktarır. X
4 Alanındaki güncel gelişmeleri ve ileri derecede gerçekleştirdiği kendi çalışmalarını, alanındaki ve dışındaki gruplara yazılı, sözlü ve görsel olarak sistemli bir şekilde aktarır. X
5 Alanındaki uygulamalarda karşılaşacağı öngörülmeyen karmaşık durumlarda, yeni stratejik yaklaşımlar geliştirir ve sorumluluk alarak çözüm üretir. X
5 Alanındaki uygulamalarda karşılaşacağı öngörülmeyen karmaşık durumlarda, yeni stratejik yaklaşımlar geliştirir ve sorumluluk alarak çözüm üretir. X
6 Alanı ile ilgili konularda ileri derecede strateji, politika ve uygulama planları geliştirir ve elde edilen sonuçları kalite süreçleri çerçevesinde değerlendirerek uygular. X
6 Alanı ile ilgili konularda ileri derecede strateji, politika ve uygulama planları geliştirir ve elde edilen sonuçları kalite süreçleri çerçevesinde değerlendirerek uygular. X
7 En az bir yabancı dilde iyi derecede sözlü ve yazılı iletişim yeteneğine sahiptir. (“European Language Portfolio Global Scale”, Level B1) X
7 En az bir yabancı dilde iyi derecede sözlü ve yazılı iletişim yeteneğine sahiptir. (“European Language Portfolio Global Scale”, Level B1) X
8 Alanının gerektirdiği bilgisayar yazılım ve donanım bilgisi ile birlikte bilişim ve iletişim teknolojilerini kullanır. X
8 Alanının gerektirdiği bilgisayar yazılım ve donanım bilgisi ile birlikte bilişim ve iletişim teknolojilerini kullanır. X
9 Alanı ile ilgili verilerin toplanması, yorumlanması, uluslar arası alanda duyurulması aşamalarında bilimsel, sosyal ve etik değerleri gözeterek bu değerleri öğretebilir ve denetleyebilir. X
9 Alanı ile ilgili verilerin toplanması, yorumlanması, uluslar arası alanda duyurulması aşamalarında bilimsel, sosyal ve etik değerleri gözeterek bu değerleri öğretebilir ve denetleyebilir. X
10 Alanında özümsediği bilgiyi ve problem çözme yeteneklerini disiplinler arası ileri derecedeki çalışmalarda uygular.
10 Alanında özümsediği bilgiyi ve problem çözme yeteneklerini disiplinler arası ileri derecedeki çalışmalarda uygular.
Değerlendirme Sistemi
Yarıyıl Çalışmaları Katkı Oranı
1. Ara Sınav 70
1. Ödev 15
1. Performans Görevi (Seminer) 15
Toplam 100
1. Yıl İçinin Başarıya 50
1. Final 50
Toplam 100
AKTS - İş Yükü Etkinlik Sayı Süre (Saat) Toplam İş Yükü (Saat)
Ders Süresi (Sınav haftası dahildir: 16x toplam ders saati) 16 3 48
Sınıf Dışı Ders Çalışma Süresi(Ön çalışma, pekiştirme) 16 3 48
Ara Sınav 1 15 15
Ödev 1 10 10
Performans Görevi (Seminer) 1 10 10
Final 1 20 20
Toplam İş Yükü 151
Toplam İş Yükü / 25 (Saat) 6,04
Dersin AKTS Kredisi 6